Ylioppilaiden lukumäärä
Indexin lopussa olevan taulukon luvuista laskemalla saadaan akatemiaan kirjoittautuneiden määräksi 12989 ylioppilasta vuosina 1640–1817. Kun karsitaan Indexin hakemisto-osasta pois samaan tapahtumaan viittaavat duplikaatit ja muut poikkeamat, jää hakemistoon on 11916 ylioppilasviittausta, joten tämän laskelman mukaan Indexistä puuttuu viittaus 1073 ylioppilaaseen. Ylioppilasmatrikkelin viimeinen tämän jakson ylioppilas on järjestysnumeroltaan 13070. Kun huomioidaan 66 tänä aikana kahdesti kirjoittautunutta, saadaan kirjoittautumisien lukumääräksi 13136. Indexin lukuun 12989 nähden ylijäämää on siis 147 henkeä eli vähemmän kuin yksi ylimääräinen lukuvuotta kohden.
Vuosikymmenittäin tarkasteltuna 1640-luvulta puuttuu 37, mutta 1650- ja 1660-luvuilla on yhteensä 68 liikaa, 1670- ja 1680-luvuilta puuttuu 12 ja loppujaksolla 1690-luvulta eteenpäin on 128 ylimääräistä. Ylimäärä 1650–1660-luvuilla on näköharhaa, jonka tärkein selitys on siinä, että samoja henkilöitä on puutteellisten tunnistetietojen takia mukana useampaan kertaan. Samasta syystä 1640-luvulta puuttuvien ylioppilaiden todellinen määrä on suurempi kuin mainittu 37. Plusmerkkisiä poikkeamia selittävät myös ne Turussa opiskelleet, jotka eivät kirjoittautuneet yliopiston matrikkeliin, sekä joukko kirkonkirjoissa ja vastaavissa lähteissä mainittuja studiosuksia, jotka ovat tosiasiassa olleet muita opiskelijoita kuin Turun akatemian ylioppilaita.
Turun ja Helsingin ylioppilaat 1640–1852 on numeroitu 1–17116. Alkuosan järjestys ei tietenkään ole sama kuin palaneessa matrikkelissa, mutta se on pyritty saamaan mahdollisimman lähelle alkuperäistä, käyttäen apuna kaikkia järjestyksen päättelemiseen soveltuvia yliopiston arkistolähteitä. Laguksen matrikkelista tämä järjestys eroaa siis siten, että rehtorikauden sisällä ylioppilaat ovat aakkosjärjestyksen sijaan aikajärjestyksessä. Ylioppilasmatrikkelin numeroinnin ja alkuperäisen kirjoittautumisjärjestyksen välillä saattaa olla suuriakin poikkeamia. Kun esimerkiksi henkilön nimen edessä oleva ylioppilaaksi tulon vuosi on laitettu sulkuihin, se viittaa ensimmäiseen mainitaan ylioppilaana ja kirjoittautuminen on voinut tapahtua jo useita vuosia aiemmin. Turun/Helsingin ylioppilaista yli 2000 opiskeli lisäksi ulkomaisissa yliopistoissa, mutta ainoastaan ulkomailla opiskelleet on erotettu omaksi ryhmäkseen.
Ulkomailla opiskelleiden numerot ovat U1–U1343. Mukana ovat suomalaiset ylioppilaat eri yliopistoissa noin vuodesta 1635, mutta Tarton yliopiston kohdalla perustamisesta 1632 alkaen. Suomalaisuus mukailee tässä yhteydessä historiallisia rajoja siten, että esimerkiksi torniolaisia ylioppilaita ennen vuotta 1809 ei ole luettu suomalaisiksi. Myöskään suomalaisperäisten vanhempien Ruotsissa syntyneitä ylioppilaspoikia ei ole otettu mukaan. Maanomistusta Suomessa ei ole katsottu riittäväksi perusteeksi suomalaisuudelle, joten suuri joukko Ruotsissa asuneita aatelisylioppilaita on jätetty pois. Myöskään opiskelun päättymisen jälkeen Suomeen muuttaneet ulkomaalaiset eivät ole mukana. Idässä maantieteellistä rajausta on laajennettu siten, että inkeriläiset ylioppilaat Uudenkaupungin rauhaan 1721 asti ovat mukana. Yliopiston opettajista ja virkamiehistä ovat mukana ne, jotka ovat toimineet jossakin seuraavista tehtävistä: rehtori, preeses, respondentti, promoottori, promovendi, stipendiaatti, inspehtori tai kuraattori. Lisäksi mukaan on kelpuutettu mm. kaikki Vilh. Laguksen Studentmatrikelissa sekä painettuina julkaistuissa suomalaisylioppilaiden luetteloissa mainitut henkilöt, vaikka he eivät täyttäisi mitään edellä luetelluista ehdoista.